Tek padişah olarak saltanatı
1413'ten sonra tek padişah olarak hüküm sürdü. Sultan Mehmet Çelebi, Fetret Devrini bitiren ve Osmanlı devletini tekrar eski gücüne kavuşturan sultan olduğundan Osmanlı Devleti'nin 2.kurucusu diye de anılmaktadır. Tek padişah olarak Sultan Mehmet Çelebi önce, Musa Çelebi tarafından etrafına büyük duvarlar inşa ettirilmiş olan, Edirne Sarayı'nda kaldı. Burada kendini kutlamaya gelen yabancı elçileri kabul etti ve devletin üst kademelerine kendi görüşüne uygun atamalarda bulundu. Şeyh Bedrettin şeyhülislamlıktan atılıp ailesiyle İznik'e sürüldü ve yerine Sunni ulemanın seçtigi bir kişi getirildi. Mihaloğlu Mehmet Bey de Anadolu'ya sürgüne gönderildi. Musa Çelebi tarafından Bizans'dan alınan Selanik ve Konstantinopolis yakınlarındaki bölgeler tekrar Bizans'a geri verildi.
Sonra Anadolu seferine çıktı. Önce yangın ve kuşatmadan kurtulmuş olan devletin birinci başkenti Bursa'ya uğradı. Sonra Ege sahillerine yürüdü. Ayaklanan İzmiroğlu Cüneyd Bey'i sindirerek Ayasoluk (şimdi Selçuk) kalesini aldı. İzmir kalesini orada bulunan Senjan şövalyeleriyle yaptığı görüşmeler sonunda Osmanlı devletine kattı. Senjan Şövalyelerine Bodrum'da yeni bir kale yapmak için izin verdi. Menteşe Beyliği arazilerinin çoğunu tekrar Osmanlı devletine kattı. 1414 ve 1415'te Göller Bölgesi'ne yöneldi. Karamanoğuları eline geçmiş olan eski Hamitoğulları beyliği şehirlerini (Eğirdir, Akşehir, Beyşehir) ve arazilerini Osmanlı devletine kattı.
Sonra 1413'te iki yıl önce Bursa'ya yürümüş olan kendi kuzeni olan Karamanoğlu Mehmet Bey üzerine giderek Karamanoğulları ordusuyla Konya Ovası'nda savaştı, onu yendi; Konya'yı kuşattı. Oğlu Mustafa Çelebi ile beraber esir aldı. Yine de onların canlarını bağışladı. Kuzeni olan Karamanoğlu Mehmet Bey'le bir barış imzaladı. Sonradan Karamanoğlu kurnazlığını göstermek için yapılan karşı propagandalara göre Mehmed Bey barış yemini verirken elini elbisesi içinde sakladığı bir canlı güvercin üzerine koymuş ve sonradan bu kuşu azat ederek yaptığı yemini geçersiz saymış olduğu hikâyesi tarihlere geçmiştir.Bu barışla birlikte Karamanoğlu'na Eskişehir, Kırşehir, Beyşehir, Sivrihisar'ı ve Niğde'yi verip, hilat giydirip, sancak verdi.
Karaman seferinden dönerken Sultan Mehmet Çelebi Ankara'da rahatsızlık geçirdi ve Germiyanoğlu Yakup Bey'in hekimi Mevlana Sinan (şair Şeyhi) tarafından tedavi edildi ve Şeyhi'yi ödüllendirdi. Şeyhi bu tedavinin ve ödüllendirmenin sonuçları olarak başından geçenleri Harname adındaki ünlü mesnevisinde değiştirerek hikâye ettiği bilinmektedir.
Sultan Mehmet Çelebi buradan Edirne'ye geri döndü. 1416'da Rumeli seferine çıktı. Arnavutluk'taki soylular Fetret döneminde orada bulunan Osmanlı birliklerini bölgelerinden çıkartmışlardı. Mehmet oradaki Osmanlıların durumunu sahilde Avlonya (şimdi Vlorë) ve denizden içerilerde Akçahisar (şimdi Krujë) kalelerini eline geçirerek güçlendirdi. Mora'ya akıncılar gönderdi. Musa Çelebi'ye destek sağlamış olan Eflak Prensi Mircea (1386-1418) üzerine gitti. Tuna nehrini aşarak Orta Macaristan yollarını kontrol eden ve Osmanlılar tarafından Yergöğü adıyla anılan Eflak şehrinde (şimdiki adi Giurgiu) çok korunaklı bir hisar yaptırdı. Bu sefer sonunda Eflak Prensi Mirce, yine Yıldırım Beyazid zamanında olduğu gibi, Eflak'ın Osmanlıların bağımlı bir devleti olmayı kabul etti. Dobruca'nın tamamen Osmanlı eline geçmesini sağladı. Buralara gözünü dikmiş olan Macar Kralına gözdağı vermek için Erdel (Transilvanya) ve Macaristan'a akıncılar gönderdi. Bosna'ya her yıl akıncılara gönderdi ve böylece oradaki toprak sahipleri soylular Osmanlı etkisine girdi ve sonunda Bosna kralı II. Tvrtko Osmanlılara bağımlı devlet olmayı resmen kabul etti.
Buradan tekrar Anadolu'ya geçip Candar Samsun üzerine yürüdü. İsfendiyaroğulları Timur'dan Kastamonu , Safranbolu ve etrafındaki bölgeleri almışlar ve Karamanoğulları ile Osmanlılar aleyhine müttefiklik kurmuşlardı. Mehmet bu bölgeleri ve Samsun'u tekrar Osmanlı yönetimi altına aldı. Bu havalide oturan, Timur'dan kalan Tatarlar'ı ve Türkmenleri Rumeli'de Filibe civarına Tatar Pazarı merkezli bir bölgeye sürdü.
Sultan Mehmet Çelebi'nin padişahlık döneminde Gelibolu'da birinci defa olarak Osmanlı donanması kuruldu. Bu ufak donama Çalı Bey komutasında 1416'da ilkbaharında Ege Denizi'nde Osmanlı ticaret gemilerine devamlı hücum eden Hıristiyan Naksos Dükü'ne karşı gönderildi. Fakat filo birden rota değiştirip Trabzon'dan emtia ile geri dönmekte olan Venedik ticaret gemilerini takibe girişti. Ticaret gemileri Venedik'in Ege'de üssü olan Negroponte (Eğriboz)'a kaçmayı başardılar. Osmanlı donanması bu limana hücum ettiyse de sonuç alamadı. Bu sırada Petro Loredan komutasındaki Venedik donanması yakınlarda bulunmaktaydı ve bu filo Çalı Bey'in filosunu Gelibolu'ya kadar takibe geçti. 29 Mayis sabahı Osmanlı donanması ile Venedik donanması Çanekkale önünde iki devlet arasındaki ilk deniz savaşını başlattılar. Bu savaş öğleden sonra 2'ye kadar sürdü ve Venediklilerin galibiyeti ile sona erdi. Venedik donanması yeni Osmanli donanmasının bütün gemilerini tahrip etti; yalnız altı kadırga ve dokuz kalyota Venediklilere teslim olmuştu. Venedikliler Çalı Bey ve tüm gemi reisleri dahil Osmanlı denizcilerinin tümünü (Müslüman Hristiyan ayrımı yapmadan, esirler dahil) öldürmüşlerdir. Venediklilerin bu hiç kıyımsız, hunhar tutumlarına neden Osmanlı devletinin Ege Denizi üzerinde Venedik tekelini ortadan kaldırması korkuları ve bunu önleme çabaları olmuştur. Bunun sonucunda Osmanlı ve Venedik devleti arasında ilk barış antlaşması yapılmıştır. 1417'de Sultan Mehmet Çelebi'nin bu anlaşmayı resmen imzalamak için Venedik'e gönderdiği elçisi ve maiyetinin Venedik'te masrafını devletin çektiği çok şaşaalı ve büyük bir törenle karşılanıp ağırlandıkları Venedik tarihlerine geçmiştir.
1418-1419'da Sultan Mehmet Çelebi'yi uğraştıran sorun eski Simavna kadısı ve Musa Çelebi'nin Edirne'de hükümdarlığı sırasında Şeyhülislamlık yapmış olan Şeyh Bedrettin'in ve yardımcılarının isyanı olmuştur. Şeyh Bedrettin ailesiyle İznik'e sürülmüştü. 1418'de buradan kaçıp önce Candar'a gitti; ama burada fikirleri tutunmamıştı. Sinop-Kırım-Eflak üzerinden Dobruca'da Deliorman'a gitti. Eflak Prensi Mircea'nin yerine geçen oğlu Mihail'in para ve asker desteğini sağladı. Burada yerleştirilmiş olan çoğu Alevî olan ve kendi radikal doktrinlerine fikirleri uyan Yörüklerden bir ordu toplamaya başladı ve isyan bayrağını açtı.
Bu sırada Şeyh Bedrettin'in Anadolu'da halife olarak geride bıraktığı Börklüce Mustafa İzmir yakınlarında Karaburun Yarımadası'nda, Torlak Kemal ise Manisa'da asker toplayıp isyana başlamışlardı. Vezirazam Amasyalı Beyazıd Paşa ve Manisa'da Sancak Bey olan Şehzade Murat bunlar üzerine gönderildi. Amasyalı Beyazid Paşa Karaburun'da gayet güçlü direniş gösteren Börklüce'yi mağlup etti ve Şehzade Murat ise Torlak Kemal'in hakkından geldi. Bu iki isyancı da asılarak idam edildiler. Fakat bu yörelerde Şeyh Bedrettin'in fikir ve önerilerine devamlı inanan bulunmaya devam etti.
Oradan Rumeli'ye geçen veziriazam Amasyalı Beyazıd Paşa Şeyh Bedrettin üzerine gitti ve isyancılar çok direniş gösteremeden Şeyh Bedrettin'i ele geçirdi. Serez'de yapılan bir yargılama sonucunda Şeyh Bedrettin orada idam edildi.
Sultan Mehmet Anadolu'ya yine dikkatini çekti. Saruhan (1415) ve Menteşe (1416) beylikleri daha önceden ortadan kaldırılmıştı. Sıra güneyde Antalya yörelerine Tekeoğullarına gelmişti ve buradaki beyliği de ortadan kaldırdı. Batı Anadolu'da sadece Osmanlılara her zaman yardım etmiş Germiyanoğulları beylik olarak kaldı ama bu beyliğe ait Afyonkarahisar ve Kütahya şehirleri Osmanlı idaresine verildi.
Sultan Mehmet Çelebi'yi son ilgilendiren sorun ise Ankara Savaşı sonunda kaybolmuş olan kardeşi Mustafa Çelebi olduğunu iddia eden bir kişinin bu savaştan 18 yıl sonra ortaya çıkmasıydı. Birçok tarihçinin gerçek Mustafa Çelebi olduğunu kabul ettiği, ama sonradan Osmanlı propagandası ile Düzmece Mustafa adı verilen bu kişi Venedikliler yardımı Teselya ile Selanik'te kendini 1418'de Osmanlı sultanı olarak ilan etti. Sultan Mehmet Çelebi Anadolu'da bulunduğu için ve Sadrazam ise Şeyh Bedrettin ile uğraşmakta iken Edirne'ye doğru yürüme imkânı buldu. Fakat Sultan Mehmet Çelebi hemen Trakya'ya geçip Mustafa üzerine yürümeye başladı ve Mustafa'nın ordusu bozulup eridi. Mustafa ise Bizanslılara sığınmak zorunda kaldı.
Sultan Mehmed Çelebi 26 Mayıs 1421'de Edirne'de bir sürek avı sırasında at sırtında felç oldu, düştü ve yaralandı. Ölüm döşeğinde Veziriazam Amasyalı Beyazıd Paşa ve vezirleri İvaz Paşa ve Çandarlı İbrahim Paşa'yi çağırıp
"Tez oğlum Murat'i getirin. Ben bu döşekten kalkamam. Murat gelmeden ölürsem fitne çıkar. Tedarik görün, ölümümü gizleyin."
vasiyetinde bulundu. En çok Selanik'te bulunan Düzmece Mustafa'dan çekinilerek, Amasya'da vali olan Murat'in Bursa'ya ulaşmasına kadar 42 gün ölüm haberi gizlendi. Osmanlı Padişahları arasında ölümü gizlenen ilk padişah o oldu. Durumundan kuşkuya düşen ve ayaklanmaları güçlükle önlenen askerleri yatıştırmak için askere geçit yaptırılıp, bu sırada mumyalanmış cesedine kaftan giydirilip, başına sarık konulup pencere önüne oturtulduğu kollarının oynatıldığı rivayet edilir. II. Murat Bursa'ya gelip tahta çıkmasından sonra cenazesi Edirne'den Bursa'ya götürülerek Yeşil Türbe'ye defnedildi.
